わが国にはマツタケを中心として外生菌根菌に関する長い研究の歴史がありましたが、1980年代後半から内生菌根菌であるVA菌根菌（当時はそう呼ばれていましたが、現在は「アーバスキュラー菌根菌」と呼ばれている）についての関心も高まってきました。小川眞氏を中心に、1989～1990年に「ミコリーザ・セミナー」が数度開催され、広く多方面の研究者の関心が高まり、平成３年（1992年）に、菌根研究の発展と普及を図るとともに、菌根研究者相互の交流を深めることを目的に、小川氏を会長として本会が設立されました。第1回研究会大会は千葉県立中央博物館で開催し、その後、毎年１回程度「菌根研究会大会」（最近ではJCOM（Japanese Conference on Mycorrhiza）の略称も用いています）を開催しています。
これまでの大会については「過去の大会」をご覧下さい。その他不定期にワークショップなども開催しています。
2018年11月30日更新